《黄帝内经》中首先提出“玄府”一词 ，其中《素问·调经论》有云：“上焦不通利…玄府不通，卫气不得泄越，故外热。”而《灵枢·小针解篇》亦云：“玄府者，汗孔也。”由此可知人体皮肤的汗孔乃此处所说之“玄府”，关于中医眼科的玄府理论首创于刘完素的《素问·玄机原病式》一书，其中专论：“论目昏赤肿翳膜皆属热。”说明了目病之病因病机。其论述玄府郁闭所产生病变的总病机时，从气血、营卫、津液、精神升降出入障碍的视角进行了精辟阐述：“人之眼耳鼻舌身意神识，能为用者，皆升降出入之通利也，有所闭塞则不能用也。若目无所见……悉由热气怫郁，玄府闭密，而致气液、血脉、荣卫、精神，不能升降出入故也。”这就将玄府郁闭的病理变化从无形的阳气怫郁发展到有形的津停水阻、痰凝血瘀，涵盖了诸多的临床病症，为进一步阐释眼病玄府病机奠定了基础。刘完素在论述目病不昧的玄府病机时曰：“热郁于目，则无所见也。故目微昏者，至近则如蝇翼者，玄府有所闭合也。”认为目无所见或视如蝇翼皆由于玄府之闭，玄府之闭由于热气之郁。至此，玄府理论的目病病机补充和丰富了中医眼科对内障眼病的认识，使眼科玄府理论初步成形。

后世明清医家及近代医家对玄府理论继承发展，结合自身临床经验进一步拓展了玄府理论在眼科的应用。国医大师唐由之在其主编的《中国医学百科全书·中医眼科学》一书中对玄府的定义为: 玄府即元府，眼科玄府为精、气、血等升降出入之通路门户，若玄府郁滞则目失滋养而减明，若玄府闭塞目无滋养而三光绝。基于玄府理论的现代解释，目中玄府是广泛存在于眼中的各种细微孔道，是眼部各类物质与信息交流的最小场所，是人体气血精液精神上注于目的枢纽。这一理论认识无疑是极其准确的，其后一些学者基于这一理论认识，提出了目中玄府与眼部微循环、神经轴浆流运输、免疫功能相关的假说。

玄府理论丰富了中医眼科内障眼病治疗的基本理论，拓展了治疗内障眼病的方法，促进了中医眼科的长足发展。